Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi Kementerian Kesehatan Republik Indonesia ditetapkan melalui Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 1625/MENKES/SK/VII/2011, berdasarkan kebutuhan terkait pelayanan informasi publik yang cepat maka Kementerian Kesehatan Republik Indonesia melakukan penggantian Peraturan Kementerian Kesehatan tentang Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi, pada tahun 2017 diganti dengan Keputusan Menteri Kesehatan nomor HK.01.07/MENKES/346/2017 tentang Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi di Lingkungan Kementerian Kesehatan. Peraturan Kementerian Kesehatan tersebut secara substansi berpengaruh pada struktur organisasi pejabat pengelola informasi dan dokumentasi di lingkungan Kementerian Kesehatan Republik Indonesia yang berorentasi pada sistem pengelolaan informasi publik yang akurat, benar dan tidak menyesatkan.
Maka berdasarkan peraturan HK.01.07/MENKES/346/2017 sebagaimana dimaksud, organisasi PPID dilingkungan Kementerian Kesehatan sebagai berikut:

1. Pembina PPID dijabat oleh Menteri Kesehatan
2. PPID Utama dijabat oleh Sekretaris Jenderal Menteri Kesehatan
3. Atasan PPID pelaksana adalah seluruh Pimpinan Unit Eselon I di lingkungan Kementerian Kesehatan
4. PPID Pelaksana dijabat oleh PPID Pelaksana Kantor Pusat/ Koordinator PPID Pelaksana Unit Pelaksana Teknis  dan PPID Pelaksana UPT
5. Pelaksanaan tugas oleh PPID dibantu oleh Koordinator Pelayanan Informasi dan Petugas Pelayanan Informasi